A agrodiversidade local é também um fator diferenciador da Reserva proposta, estando representada por espécies silvestres, parentes silvestres de algumas das principais culturas agrícolas, espécies agrícolas, representadas por variedades locais e agrossistemas com estrutura e técnicas de cultivo únicas.
Os parentes silvestres das culturas agrícolas contemplam cerca de 200 táxones, dos quais 114 são nativos e 47 endémicos. Os grupos mais representativos desta agrodiversidade são as leguminosas, as gramíneas e as brássicas. As espécies agrícolas representam a segunda componente mais importante e representativa, estando referidos 95 táxones, sendo as culturas mais representativas as de cereais, seguindo-se as leguminosas e frutícolas.
Das variedades locais, merecem destaque o tomate (Lycopersicum esculentum), o trigo (Triticum aestivum), a cevada-da-terra (Hordeum vulgare), o chícharo (Lathyrus sativus), a feijoca (Phaseolus lanatus), a cebola (Allium cepa), a batata-doce (Ipomoea batatas), a lentilha (Lens culinaris), a melancia (Citrullus lanatus) e a uva-de-mesa (Vitis vinifera).
